Η Α.Ε. Μεσολογγίου ιδρύθηκε το 1931 με τη συνένωση των τοπικών ομάδων (Ολυμπιακός, Δάφνη, Ατρόμητος, Αστέρας). Η Α.Ε. Μεσολογγίου αναγνωρίζεται τυπικά και ουσιαστικά στο ποδοσφαιρικό, αθλητικό σωματείο και εντάσσεται στη δύναμη της ΕΠ.Σ. ΑΧΑΪΑΣ τον Σεπτέμβριο του 1932. Οι πρώτοι ποδοσφαιριστές της ήταν οι: Ντρες, Λιναρδάτος, Γιαννόπουλος, Μακεδονόπουλος, Παπαδημητρίου, Ζαβιτσωνάκης, Γαλάνης, Βορίλας, Βαλσαμάκης, Σταυρόπουλος, Πετρολέγγας, Φάκας, Ρήγας και Πολύδωρος. Η ομάδα της Α.Ε. Μεσολογγίου με την έναρξη του πολέμου, το 1940 παύει τις αγωνιστικές της δραστηριότητες και μετά το Αλβανικό έπος και την Γερμανική κατοχή, σε εποχή εμφύλιου σπαραγμού, εμφανίζεται διασπασμένη και διχασμένη έχοντας πάρει τη θέση της δύο ομάδες: η ΝΙΚΗ και ο ΕΘΝΙΚΟΣ. Με πρωτοβουλία των αείμνηστων Νάσου Θεοφιλάτου, Κωνσταντίνου Ρήγα και άλλων Μεσολογγιτών που προέρχονται από διαφορετικές πολιτικές παρατάξεις, ενώνουν το 1946 τις δύο ομάδες ΝΙΚΗ και ΕΘΝΙΚΟ και επανιδρύουν την Α.Ε. Μεσολογγίου. Η μεταπολεμική ομάδα είχε ποδοσφαιριστές όπως οι: ΘΕΟΦΙΛΑΤΟΣ, ΡΗΓΛΟΣ, ΕΥΝΟΔΙΝΟΣ, ΛΙΒΙΕΡΑΤΟΣ, ΑΠΟΣΤΟΛΟΠΟΥΛΟΣ, ΚΟΛΛΙΑΣ, ΚΑΤΣΑΝΤΩΝΗΣ, ΚΑΡΑΒΙΑΣ, ΧΑΣΙΩΤΗΣ, ΠΑΠΑΝΑΣΤΑΣΙΟΥ, ΡΑΥΤΟΠΟΥΛΟΣ, ΣΟΦΙΑΝΟΣ, ΣΚΑΡΛΑΤΟΣ, ΝΙΚΟΛΟΠΟΥΛΟΣ, ΦΑΡΑΝΤΟΣ, ΛΕΩΝΑΚΗΣ και είναι αυτοί που αγωνίζονταν στα πρώτα αθλήματα που διοργανώνονταν από την Ε.Π.Σ. ΑΧΑΪΑΣ. Τη δεκαετία του ’50 αναδείχτηκαν σπουδαίοι ποδοσφαιριστές που προκάλεσαν το ενδιαφέρον μεγάλων ομάδων, όπως οι: ΣΙΚΟΛΑΣ, ΓΚΟΥΒΑΣ, ΚΟΜΜΑΤΑΣ, ΣΤΑΘΕΛΟΣ, ΠΟΥΛΗΣ, ΔΕΡΑΟΣ, ΛΕΩΝΑΚΗΣ, ΣΑΚΕΡΙΑΝΟΣ, ΣΟΡΟΝΤΗΛΑΣ, ΜΑΜΑΛΟΥΓΚΑΣ κ.α.